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由於許多年來遭受了嚴重的破壞，佛教被蹂躪得體無完膚，整個佛教內部一片混亂，不成體統。法王從那時起開始著重弘傳律藏，讓許多僧人受沙彌戒、比丘戒，建議幾個規模較大的僧團重整旗鼓，修復、重建寺院，僧人們披袈裟、著僧衣，在寺院中廣泛開展聞思修。

西元1985年（木牛年），法王為三千多僧人傳授《教藏集》大灌頂，並且認為：對於僧團內部存在的種種弊端，進行一次聲勢浩大的整頓勢在必行。他當機立斷召集藏地各大寺院的住持，知名度、威望頗高的大德們共商此事，他們一致贊同法王的建議，都感到這一整頓是當務之急。隨後發佈了一份《公函》，其主要內容，概括而言即：修行人必須聞思修行、清淨戒律、弘法利生。中心意旨是：除了宛如群星圍繞明月般的個別密咒師以外，寺院裡僧人必須全部出家，受持清淨的別解脫戒律。按照經續要求，戒律不清淨和破密宗誓言之人一律不准與僧眾共住。作為僧人應當認真聞思修，放棄一切世間瑣事，具備作為應供的條件。此《公函》在四川、青海、甘肅為主的大小寺廟中好似起死回生的妙藥，使奄奄一息的僧團重新有了生命力。

儘管在此次整頓過程中，出現了許多始所未料的違緣障礙，可以說困難重重，但法王臨危不懼，排除萬難，終於取得了勝利。他老人家略帶傷感地說：“在我沒有進行這次整頓之前，在家人、出家人中無一不對我恭敬擁戴，自從整頓後，許多人對我恨之入骨，無端誹謗。可是，我想佛教已如夕陽一般，如果佛教內部不進行整頓，任其自然，那麼將危在旦夕。為了延續佛法的慧命，我寧願獻出自己的寶貴生命，無論遇到任何艱難險阻也不會怯而退步……”

如今以藏地雪域寺院為主海內外的僧團能夠淨持戒律，井然有序，完全是法王當年激濁揚清、興利除弊、妙手回春的結果，這也可算是佛教史上不可磨滅的里程碑。可是，真正有感恩圖報之心的人卻寥寥無幾。正如佛經中所說：本來衣服上能夠染上各種各樣的顏色也是佛陀的加持所致，但是大多數人卻認為這是自然而然的事。可想而知，如果不是法王披肝瀝膽進行整頓，藏地各個寺院的僧團將會變成什麼樣！