禪與腦－開悟如何改變大腦的運作
Zen and the Brain
09打坐期間的生理變化
這方面的研究相當多，一般的看法是，依照打坐時放鬆的程度，打坐產生次發的生理和生化變化。本森（Herbert Benson）強調，在安靜環境打坐的人，會培養鬆弛反應。他的受試者，練習一種「簡單、非教派技術」的打坐。他們安靜舒適地坐，放鬆所有肌肉，在呼氣時靜靜地說「一」，維持平靜態度，並用自己的步調調整鬆弛。這種打坐方法，與禪修中的「只管打坐」頗為相似。經過幾週、幾個月後，打坐者的收縮壓和舒張壓皆降低，心律不整頻率也減低。當他們處在引發壓力的情況時，血中正腎上腺素的濃度上升，但是他們的心跳和血壓沒有上升。賀爾梅茲（Holmes）回顧23篇打坐報導後下結論：打坐不一定會一致地減低心跳、皮膚電阻、呼吸、血壓和生化變化；簡單休息反而有以上的效果。所以，打坐引起的生理變化，還要進一步的追蹤研究。
勤練打坐的人確實會感覺到，他們的感官變得更敏銳。速讀器（tachistoscope）的測試顯示，打坐者偵察單一閃光更快，對連續出現的閃光的區別也更準確。資深的打坐者，對心靈或知覺的反應過程也更敏感；有些人甚至可以看到單一閃光的開頭、持續和消失。包爾斯（Boals）認為，把打坐當做只是一種放鬆的技術，這是有限的觀點。他下結論，打坐是學習如何運用專注力的複雜過程。有幾世紀歷史的禪傳統，支持此種比較廣大的觀點。
打坐用生理方法評估，有其困難之處。早期的研究顯示，有10~20年打坐經驗的禪師和和尚，在坐禪中，他們的基本代謝率會大幅降低。最近的研究對此項結果另有解釋。超覺靜坐的研究顯示，受試者起初有緊張反應；過後，他們的代謝率才會下降。作者們認為，此種下降是因為受試者習慣實驗室的環境，導致心情和肌肉放鬆的結果；所以，觀察到的下降效果不一定完全由打坐引起。這種解釋可能只是片面。例如，有些有經驗的打坐者將自己歸類為「緊張」型的人，但是他們在打坐時，耗氧量下降13.5%。
目前對打坐的研究，亦有其他的限制。最關鍵性的是，生理和生化的測量，無法定義打坐時當下覺醒的主觀性質，更不用說其後的情況。許多報告只是簡短的初步研究（pilot studies），且只有單一取樣。大多數的研究，不重複實驗，也不用充分的人數。這表示，這些實驗缺乏縱向的觀察。
「打坐」不分派別。我們已經強調，打坐有幾種不同的方式。這是另一種理由，為什麼打坐研究不能做簡單的推論。超覺靜坐和瑜伽傳統採取閉眼的技術，禪傳統強調半開半閉的方式。禪本身也有幾種打坐練習和生活方式。不足為奇，貝卡拉（Pekala）最近評閱28篇打坐報導時，發現沒有一篇有令人滿意的實驗方法。
打坐與睡眠週期
打坐者會小睡（nap），正像正常人一樣。61%的正常人一週小睡一次以上，每次小睡1小時以上；小睡時間通常在下午2點到4點，和體溫上升的時候。小睡可以恢復體力。例如：大學男生若習慣小睡半小時到2小時，他們的效率和警覺性會增加，腦波頻率、心跳和體溫也增加；他們的反應時間縮短，皮膚反應電阻增加。
小睡對打坐研究應有所幫助，但往往被忽略。另外，打坐者打坐時會睡著。超覺靜坐的研究顯示，靜坐時睡著，19%的人在第一階段睡眠，23%在第二階段，17%在第三或第四階段。雖然有人認為，打坐是長時間的嗜睡，是一種部分睡眠，這種觀點忽略三項事實：其一，打坐會導致長期的、正向的態度改變；其二，打坐增加專心和觀照頻率；其三，人人晚上睡覺，某些人白天會小睡；但是他們不會產生新態度，也不會產生專注和見性。
