世界矚目的中國傳統醫學，是中華民族優秀文化遺產的一顆燦爛明珠。古往今來，人們從未中斷過對健康長壽的追求，也從未中斷過以各種方式探尋對疾病的防治。這種追求和探尋就是人類實現延年益壽、長命百歲的過程與途徑，是人類攻克醫學難題的動力與源泉。北京同仁堂以求珍品、探奇效的不懈努力，為人類的健康研製出了數以萬計的中藥精品。三百多年來，同仁堂本著「修合無人見，存心有天知」的敬業精神，遵古不泥古，繼承不失宗，走的是「跬步」，成的是「大器」。在中國醫學的發展長河中形成了一個可歌可泣的里程碑，於北京「老字號」的企業中釀成了一部絢麗多彩的文化史，使靜止之藥方，活用於患者。
近來影視文學作品大量以同仁堂歷史為題材，逐漸形成了「同仁堂文化」，它是中國企業文化和北京民俗文化的重要組成部分，亦成為今日中國百年老店的龍頭巨星。 同仁堂的初創 北京同仁堂和杭州胡慶餘、廣州陳李濟、漢口葉開泰，並稱中國四大藥店，而同仁堂高居首位。

同仁堂創始人樂尊育，祖籍浙江省寧波府慈水鎮，祖上原姓岳，名良才，於明朝永樂年間移居北京，串街行醫帶賣藥材。傳至岳尊育（字顯揚，一六三○∼一六八八年），他在北京住前門外大柵欄一家小客棧（即同仁堂舊址）約二十年，店主姓樂，山西人，僅老夫婦二人，以招待過往賣藥材的商人為生，岳尊育和老夫婦相處甚睦。清順治年間，樂老夫婦回山西探親，將客棧託付岳尊育代為照料，不想老夫婦自此杳無音信，時間久了，岳尊育改姓樂，繼承了客棧。其子樂梧岡（字鳳鳴，一六六一∼一七四二年），於清康熙四十五年丙戌（一七○六年）寫的〈同仁堂藥目敘言〉中稱： 先君號尊育，為太醫院吏目……平日汲汲濟世，兢兢小心，凡所有丸散，無不依方炮製，取效有年。每庭訓餘，謂可以養生，可以濟人者，惟醫藥為最。又曰：「同仁」二字可命堂名，吾愛其公而雅，須志之……壬什鄉比後，閒居無事，追憶昔年遺訓，翻然勃然鼓舞而為之，遂立同仁堂藥室焉。 在上述敘言中可知，樂尊育在世已經有了同仁堂，取「同修仁德，濟世養生」之意。至於同仁堂成立的確切年代，以現在同仁堂懸掛的老匾為憑，上書「康熙八年己酉」（一六六九年）。

清光緒二十六年（一九○○年）八國聯軍入侵北京，焚燒大柵欄，同仁堂夥計張翊亭從火中搶救出該匾，因而同仁堂成立於一六六九年應當是可靠的，只是仍在小客棧行業，約三十三年後（康熙四十年），樂梧岡因鄉試落第，子承父業，方在大柵欄正式開設同仁堂藥室。 和清宮太醫院的關係 上述敘言寫樂尊育「為太醫院吏目」，說明同仁堂自初創，即和太醫院關係密切。樂尊育有個遠親姓程，浙江鄞縣人，其表叔張清一在清宮御藥房當差為領班，收程為義子，改名張世基。後來張世基承襲了御藥房領班一職，每年為清宮採購藥品，而張世基之女嫁給了樂尊育之孫樂禮。這樁該婚事對同仁堂命運起到了至關重要的作用，正是憑著這層關係，樂尊育才當上了太醫院吏目。

同仁堂檔案記載，因向御藥房供奉藥品，每年同仁堂皆預領官銀，做為訂金，就保證了同仁堂的資金來源。如雍正年間奏請預領官銀四萬兩；乾隆九年（一七四四年）曾奏請添三分之一藥價，每年預領官銀三千兩，說明同仁堂每年向清宮進奉數量不小的名貴藥材。乾隆十九年樂禮之妻張氏的一個呈文，很明確地反映出清廷對同仁堂的關照： 身夫樂禮，原承先業開設同仁堂藥鋪，承辦官藥有年……不期夫故，官項客賬鋪務家計實難措辦。蒙監辦關老爺借給本銀五千兩入鋪……未及一半，慘遭上年四月間忽被天災，鋪業燒毀，長子繼亡，將家產入官歸償資生庫，一門孤寡，坐守待斃。復蒙天恩垂憐，將所焚鋪基並堆房殘貨，仍賞身養活孤孀，復令提督府出示招商接辦…… 是說樂禮病逝後，乾隆十八年同仁堂失火，之後樂禮長子樂以正又故去。張世基在官府支持下，招商承辦同仁堂，有九門提督告示，張出資二萬兩白銀，將同仁堂留存藥材及房地基折價，並負擔樂氏孤孀贍養。

道光十四年（一八三四年）同仁堂第二次失火，張世基後代又奏請宮中預支藥銀四萬兩，重新修建同仁堂，可見同仁堂享受一定的特權。清咸豐以前，清宮御藥房主要向育寧堂購買藥品，同仁堂位列其後。咸豐皇帝奕　繼位（一八五一年），因避聖諱，不僅凡有「寧」字的藥名要改，如「二母寧嗽丸」改為「二母安嗽丸」，「清寧丸」改為「清麟丸」，甚至不許育寧堂的藥品進宮。育寧堂不得不改名遷址，同仁堂乘機成為清宮藥品主要供承者，並充分利用這一優勢。例如每次外出購藥，同仁堂僱的馬車上一律打著「宮廷御用」旗號，沿途州官都在運貨馬車上插黃旗以示妥加保護「御用」專品，可見氣勢不凡，這些都是別的藥店不可能享受到的特權。