朱元璋兩次大屠殺的對象，都是他初起兵時親如手足的患難朋友。他們為朱元璋出生入死，當他們以為可以分享富貴時，卻被朱元璋施以慘無人道的酷刑並株連九族。這兩次大屠殺不過是成批地死亡，事實上朱元璋每天都在屠殺,前後屠殺了四萬多文臣武將。像皇太子的教師宋濂，是元末明初文才最為出眾的人物，朱元璋尊稱他是“聖人”，來往宮中如同一家，因他孫兒牽扯到胡惟庸案中，朱元璋翻臉不認人，昔日的上賓一眨眼成了階下囚。宋濂被貶到窮困的蠻荒，沒幾年就死在那裏。朱元璋最信任的智囊劉基，他對明王朝的功績和諸葛亮對蜀漢王國的功績不相上下，但他的結局和諸葛亮不能相比，他的高度智慧使朱元璋渾身不自在，最後朱元璋將其毒死後嫁禍于胡惟庸身上。

平定雲南的大將傅友德，父子同時綁赴刑場腰斬。平定廣東的大將朱亮祖，父子同時慘死在鋼鞭之下。大臣李仕魯在金鑾殿上辭職，朱元璋認為是看不起他這個皇帝，當即命武士將李仕魯摔下殿堂，腦漿崩裂而死。在所有共患難的朋友中，只有三個人沒有被扣上謀反的帽子，一是常遇春，一是徐達，一是湯和。常遇春運氣最好，天下還沒太平就早早地死掉。徐達的死和處決沒啥分別，他患一種疽瘡，最忌鵝肉。朱元璋偏偏送一碗鵝肉給他，並命送鵝肉的宦官在旁監視他吃掉，徐達一面吃一面流淚，當晚毒發身死。只有湯和一人壽終正寢，因為他看上去傻乎乎的，不具備承載野心的智商。在朱元璋統治時期，朝中人人自危，每時每刻都擔心飛來橫禍，官員們每天早上入朝，即跟妻子訣別，到晚上平安歸來，闔家才有笑容。

李善長是朱元璋的第二大謀臣和功臣，和朱元璋是兒女親家。但朱元璋對他仍不放心，必欲去之而後快。恰好其弟李存義和胡惟庸聯姻，朱元璋便借此大做文章，指使坐罪胡惟庸案的丁斌（李善長的私親）告發李存義曾串通胡惟庸謀反。獄吏對李存義父子施以重刑，二人熬刑不過，只好按獄吏的主意（實則是朱元璋的主意）“承認”是奉了李善長的指使。那時一班朝臣，希承意旨，聯章交劾善長，統說是大逆應誅，一樁“謀反案”就此製造出來。此時朱元璋還要故作姿態，說李善長是大功臣，應法外施恩。偏偏太史又奏言星變，只說此次占星，應在大臣身上，須加罰殛，於是太祖遂下了嚴旨，賜善長自盡。此時李善長已七十七歲，所有家屬七十余人，盡行處斬。只有一子李琪，曾尚臨安公主，得蒙免死，流徙江浦。外如吉安侯陸仲亨、延安侯唐勝宗、平涼侯費聚、南雄侯趙庸、江南侯陸聚、宜春侯黃彬、豫章侯胡美即胡定瑞、滎陽侯鄭遇春等，一併押赴刑場處斬。

關於朱元璋瘋狂屠殺功臣元勳的心理動因，後世歷史學家有不同的解釋，最有代表性的解釋是，朱元璋看到皇太子懦弱，擔心他死後強臣壓主，所以事先消除隱患。這種解釋有一則宮廷秩聞可為佐證：有一天皇太子勸說父親不要殺人太多，朱元璋把一根長滿了刺的棍子丟在地上，命皇太子用手拾起來。皇太子一把抓住刺棍，結果給紮破了手掌並連聲呼痛。朱元璋說：我事先為你拔除棍上的毒刺，你難道不明白我的苦心嗎！就算上面的解釋是真實的，也說明被殺的功臣全蒙受不白之冤，“謀反”根本是莫須有的罪名，而在屠殺功臣的同時也助長了司法制度的黑暗。

功臣──在二十世紀，稱「親密的戰友」，是中國歷史上最危險的一種職業。無論統一全國的大王朝，或割據部份地盤的小王國，都是一樣。從名滿寰宇的文種、伍子胥、白起、韓信，到小局面卑微的孫護、務銀提，每一個人最後都大禍臨頭。不僅僅是當權大爺少恩、親密戰友功高震主而已，而是專制的制度，把人與人間的恩情道義，一筆勾銷。吃了某種藥，就會有某種癥狀反應。

藍玉一案,其實起於帝位之爭奪,蓋涼國公藍玉,因朱標娶其姪女,故在諸皇子之中,藍玉係支持太子朱標,而與四皇子朱隸起了衝突,引來殺身之禍.

明史之中的藍玉極富謀略,屢立戰功,洪武二＋一年封涼國公,二十四封太子太傅,但自此自恃戰功,日益狂傲,多次抵觸明朝律法,令朱元璋不滿.

當太子朱標還健在時，藍玉因為與朱標有戚誼，經常友好往來。有一次，藍玉自蒙古班師，面見朱標時，他告知太子說：「臣觀燕王在國，舉動行止，與皇帝無異。又聞望氣者言，燕有天子氣，願殿下先事預防，審慎一二！」朱標回答藍玉：「燕王事我甚恭，決無是事。」藍玉向朱標解釋：「臣蒙殿下優待，所以密陳利害，但願臣言不驗，不願臣言幸中。」朱標沒再說什麼。不過此事後來為燕王朱棣所知悉，到了洪武二十五年四月朱標薨逝後，燕王入朝上奏朱元璋說：「在朝公侯，縱恣不法，將來恐尾大不掉，應妥為處置」，暗批藍玉等虎將立於朝廷，要趁早抑制，否則將來難治。但是藍玉等將領依舊桀驁不馴，完全不察覺朱標的逝世已使得政情大為丕變，因為雄猜的朱元璋這時已有再大獄功臣的準備了。但是洪武二十五年九月朱元璋冊立嫡長孫朱允炆為皇太孫時，仍然命藍玉兼太子太傅以示隆寵。

洪武二十六年二月，一位錦衣衛指揮蔣讞指控藍玉謀反，朱元璋立刻以「謀反罪」處死藍玉，抄其家產，誅其三族，此案連累一萬五千人被殺，史稱「藍玉案」。未久潁國公傅友德、定遠侯王弼、宋國公馮勝等也在一兩年内相继被殺。至此，明朝的開國功臣幾乎被殺盡。朱元璋說：“自今胡黨藍黨概赦不問。”僅存功臣湯和、耿炳文等人