忍者這個稱謂是在日本江戶時代開始有的，不過忍者的歷史從更為久遠的時候便開始了。據說在日本首次派譴「忍者」完成任務的，是德聖太子。在當時，忍者被人們稱為「志能便」。根據時代和地點的 不同，有各種各樣的稱謂以下是各個時期忍者的當時的稱謂：飛鳥時代：「志能便」；奈良時代：「斥候」；戰國時代：叫法甚多，流傳最廣的叫法是「亂波」，這是武田信玄給起的名字。江戶時代：「忍者」。
忍術是由忍者的 家族 世代相傳的。在各流派中，也有類似我國青、洪幫內那種森嚴的等級。最高地位的忍者稱「上忍」，統帥一個派別或充當一方的霸主。在他的屬下有很多的「中忍」，每個中忍 管理 一個由三四十名「下忍」組成的小團體。中忍負責將上忍的命令傳達下去，將下忍的情況向上忍匯報，起到橋樑的 作用。下忍是忍者中最底層的人員，專門執行任務。
超人的忍術
忍者技藝超人，擅長使用劍、鉤等各種兵器與飛鏢等暗器；他們能飛簷走壁，在沙地上飛跑不發出一點聲響；在水中屏息可長達五分鐘，如用特殊器具可在水底待上一天一夜；他們善於在水面和水底搏鬥，甚至能潛到船底，偷聽船上人的對話……
忍者這種超人的本領是從小經過艱苦的特殊 訓練獲得的。忍者家庭的小孩不論男女，都必須繼承祖先的職業傳統，一般從五歲開始就接受訓練。訓練的種類有五種，即平衡、靈敏、力量、持久及特殊技巧。
平衡訓練從走竹竿開始，當能夠在滾圓的竹竿上行走而不滑下，就將竹竿逐漸升高，最終要升到三四十尺高，達到奔跑跳躍如履平地的境界，這樣就能在樹上、屋頂及牆頭上下攀援，行走如飛。
靈敏的訓練也是如此，跳過插著刀片的繩子，在佈滿利刃、槍尖的狹道中拐彎抹角急速穿行。
持久及力量的訓練最為艱苦，如雙手掛在樹上，支援全身，下面放滿暗器，不容你鬆手跳下，以恐懼來激發 體內的潛能作長久的支援。長跑更是忍者的基本功，要求連續跑上五十公里路而不停下來休息，日行百里是家常便飯。
至於特殊技巧訓練就更令人吃驚。除了上述說過的，還有徒手搏鬥，投毒解毒等。化裝術更是忍者的特長，他們能製造人皮假臉，改換性別。讓一個忍者在人群中穿行，由幾個人在一旁辨認，結果各人所見都不相同，高矮胖瘦，不一而足，真可謂「千面人」。還有隱身術，文章開頭說到美國忍者在煙霧中突然消失就是一種，那是忍者事先挖好一個地洞，然後趁著煙霧掩護跳入地洞，令追捕者失去目標，以為真有「隱身術」（不過一般這樣的洞都是挖在樹林等便於遮掩躲藏的地方，像電影裡那樣在水泥地上消失也太誇張了）。
體質訓練：忍術對於 身體 訓練的強度也是非常殘忍的。忍術所包括的內容，每一項忍者都必須精通。並且每項訓練，都全是死亡淘汰賽，無法承受的人是不允許生存的。除了常規訓練外，忍術還包括多種「怪力訓練」，忍者通過它進一步磨練意志，忍耐力，生存 能力 等等。這種怪力訓練諸如連續數天不食不動，殺死自己的同伴，以及與猛獸搏鬥等，是令人難以想像的。
通過這些死亡率極高毫無人性的修行，忍者從精神到肉體都實現了超人的飛越。獲得了超越常人的毅力、耐力、戰鬥力。通過忍術的 訓練 而倖存的忍者，個個都是一部絕對可靠的全功率戰鬥機器。
作為一名忍者 家族的後代，一經降生就必須接受殘酷的命運現實——或者成為忍者，或者死。忍者從很小的時候起，就被灌輸以對主人絕對忠誠的思想：除了自己的主人，任何人命令都不會聽哪怕是日本天皇也不行。通過從小開始這種精神洗腦而打造出的忍者比任何的宗教信徒都更加狂熱，更加無所畏懼。不過忍者也不是像邪教徒一樣的殭屍般的戰士，它有著一套切實可行的強大精神力量的訓練方法。這種技術才是忍術的秘中之秘，它就是東密的修行。東密和我國的藏密，印度的雜密一樣，是佛教中密宗的一個支派，而且東密對於人體念力的開發，向來有著自己獨特的傳承，在密教界一直以顯著快捷著稱，忍者通過通過東密秘法的修習，錘煉自己的意志，精神變得無比純粹和堅韌，體內的潛能將得到最大限度的開發。可以完全除去心靈的迷惑和恐懼，全神貫注的投入戰鬥。此外密宗認為人的身體有許多奧秘和潛能，只要通過密宗法門的不懈努力就能使修行者發揮全部潛力，讓身體與宇宙溝通達到天人和一的境界，這和忍者追求的極限體術不謀而合。密宗視大日如來為萬物之主，極力推崇傳承、真言和密咒。我們在一些影視作品或者漫畫中經常可以見到忍者做出許多古怪的手勢，那便是在表述東密主要修法之一的「九字秘印」：「臨、兵、斗、者、皆、陣、列、在、前」這九字真言。
幕府時代，忍者們幹出的離奇驚險、令人咋舌的事件舉不勝舉，熊野寺秘籍被毀一事，可窺一斑。
熊野寺的秘籍
熊野寺的主持擁有一本中國武功秘籍，從不示人，一個名叫上野守直的武士千方百計想得到它。忍者堀川奉令 行動 ，他打聽出秘籍收藏在寺內一間小建築裡，寺廟戒備森嚴，無法進入。於是他花了七個月的時間，挖了一條地道通到小建築底下，這時才發現，該屋建在一塊大石頭上，根本無法挖通。可熊野寺主持已經發現有人在挖地道想盜秘籍，他派人在地道口突然用火攻，將堀川活活燒死。上野又派了另一名忍者八郎去盜秘籍。八郎長得年輕貌美，且能歌善舞，他被當作侍童招進寺裡，心術不正的僧侶將他打扮一番，當作同性戀的洩慾對象。八郎終於引起了熊野寺主持的興趣，兩人也勾搭上了，八郎巧妙地利用副主持的嫉妒，打聽出主持是是半夜躲在密室用很幽暗的燈光來讀秘籍的。一天晚上，當主持在密室幽光下讀秘籍時，八郎象貓一樣潛入密室，勒死主持，將秘籍收入圓筒，立時飛遁回去覆命。
迫不及待的上野守直從八郎手中搶過秘籍，根本不理睬八郎向他講述熊野寺 主持 在密室暗燈下閱讀秘籍這一重要細節，自顧自走進房間，把秘籍從金屬筒內取出，攤在陽光明亮的小桌上閱讀。奇怪的事發生了，還不等他看完第一段，整個秘籍的文字就開始褪色，這第一段講的正是說明該秘籍是用一種一見光就消失的特殊墨汁書寫的。告戒秘籍的主人不要讓它見光，否則文字會全部隱形消失。一部具有極高價值的秘籍就這樣被毀掉了，但忍者們在盜秘籍中所採取的各種非常手段卻使人難以忘懷。
可悲的下場
由於忍者們幹的大都是涉及到上層權力爭鬥的秘密事件，而且危險性相當大，因此他們的結局往往十分可悲。
危險首先來自僱主。這些陰險毒辣的社會頭面人物在不擇手段達到自己的目的後，怕事情 內幕洩露，往往將執行任務的忍者殺死滅口。
忍者雖然本領超人，但難免有失算的時候，有一個忍者冒著夏日的酷暑，潛入一個諸侯住宅的地板後，一動不動準備偷聽諸侯內宅的密談。但在傍晚時分，被一個衛士察覺，衛士用長矛刺穿地板，將藏匿在下面的忍者殺死。原來夏日的蚊子圍著忍者 叮咬，忍者雖然沒有發出任何聲響，但嗡嗡叫的蚊子卻暴露了他的行蹤。
忍者最可怕的敵人是武士。武士在明處，忍者在暗處，防不勝防，故武士最憎恨忍者，忍者一旦被武士捕獲，必然受到最殘酷的刑罰處死。活剝皮就是酷刑的一種， 皮膚 被一片片剝下來，極其痛苦，而又不能立即死掉。所以忍者是絕對不肯讓武士活捉的。這裡講述一位最富有傳奇性的忍者的遭遇。這位忍者名叫猿飛，因為他有象猿猴一樣在樹上攀援飛躍的本領，來去無蹤；同時他徒手格鬥的武功也很好，人們根本無法捕捉他。有一次他被派去偵察住在某城堡中的一個將軍，偷聽到將軍和一位大臣的密談。可當他離開城堡時被守衛 發現 ，他立即躍上城牆，巧妙地避開了追趕的人，但當他跳落花園時，踩上了一隻暗設的捕熊鋼夾，將他的腿緊緊夾住。這時將軍手下的衛士圍了上來，猿飛見狀，一刀將夾住的腿砍斷，單腳逃了很長一段距離。可終因失血過多，難以支援。猿飛見衛士越來越近，知道自己沒有 希望逃脫，便索性站定、大聲辱罵了追趕他的衛士，用劍毀掉自己的面容，使人無法辨認，然後揮劍砍斷自己的的脖子。一個聞名遐邇的忍者就這樣可悲地結束了自己的一生。
隨著科學技術的進步，忍術逐漸失傳。據傳說，忍術的老祖宗是我國的《孫子兵法》，這就有待歷史學家們考證了。
